Từ đó, nơi ba ngọn núi đá chụm đầu vào nhau, tạo thế vững chãi từ sức mạnh đoàn kết như kiềng ba chân, đã trở nên linh thiêng. Theo bảng thuyết minh treo ở Thượng Điện: “Miếu Đồng Cổ được khởi dựng từ thời Hùng Vương (2569 – trước Công nguyên), đến thời Lý (1020) miếu được sửa sang lại, sang thời Lê – Trịnh (1630), miếu được xây dựng khang trang, to đẹp hơn…Miếu thờ thần núi Đồng Cổ, vị thần đã giúp các triều đại đánh thắng giặc ngoại xâm và diệt trừ phản loạn: Giúp vua Hùng đánh thắng giặc Hồ Tôn; giúp vua Lý đánh thắng giặc Chiêm và diệt trừ phản loạn; giúp vua Lê-chúa Trịnh đánh tan nghịch Mạc; các đời Đinh, Lý, Trần, Lê thờ cúng đều ứng nghiệm, giúp việc giữ gìn đất nước…”
< Trống đồng tại Thượng Điện đền Đồng Cổ xã Yên Thọ.
– Tôi là thần núi Đồng Cổ, nghe tin Thái tử đi đánh phương Nam, tôi xin theo giúp để phá giặc lập công.
Đền Đồng Cổ là nơi diễn ra các nghi lễ của các triều đại vua chúa nước ta. Trong đền còn rất nhiều thần tích, sắc phong của các triều đại. Các vương triều Trần, Lê, Trịnh – Nguyễn vẫn duy trì các nghi thức quốc lễ tại đền Đồng Cổ ở Yên Định (Thanh Hóa) và phường Bưởi (Hà Nội). Thời Trần, hội thề Đồng Cổ là một hội lớn, dân bốn phương về xem hội rất đông. Đền Đồng Cổ tại Hà Nội giờ đây nằm trên khu đất cao, trông ra sông Tô Lịch, gồm Tam quan, các tòa Tiền tế, Trung tế và Hậu cung. Bên trong vẫn còn lưu giữ 12 đạo sắc của các niên hiệu: Cảnh Hưng, Chiêu Thống, Quang Trung, Cảnh Thịnh, Thiệu Trị, Tự Đức (từ 1740 – 1883). Vì đền thờ linh thiêng nên vào nửa đầu thế kỷ thứ I sau Công nguyên, các nghĩa sĩ Thanh Hóa đã rước linh vị thần Đồng Cổ lập miếu thờ ở Nguyên Xá, huyện Mê Linh, nơi tụ nghĩa của Hai Bà Trưng.
Tại đền thờ gốc ở Đan Nê có ba ngọn núi đá vững chãi (gọi là Tam Thái Sơn) bao bọc một khu đất rộng có hồ nước ở giữa, tạo phong cảnh sơn thủy hữu tình. Trước cửa đền, bên kia hồ bán nguyệt, có hai tấm bia trên vách đá núi Xuân. Một tấm bằng chữ Hán khắc lại bài văn bia do Nguyễn Quang Bàn, con vua Quang Trung, viết năm 1802, ca ngợi phong cảnh sơn thủy hữu tình nơi đây, và kể lại chuyện một chiếc trống đồng cổ được tìm thấy và cúng tiến vào đền.
Tấm kia bằng tiếng Pháp, khắc năm 1889, nội dung chép lại bài văn dân làng Ðan Nê tỏ lòng sùng kính với ngôi đền. Còn tấm bia chữ Hán chép rằng, năm Canh Tuất (1790) Tuyên công Nguyễn Quang Bàn vâng mệnh vua cha vào làm quan đặc sai đốc trấn Thanh Hóa. Một đêm, ông nghỉ tại làng Ðan Nê, có vào cầu khấn trong miếu thờ Ðồng Cổ Sơn Thần. Sau đó ứng nghiệm bằng việc ông bỗng thấy bên bờ Nam sông Mã xuất lộ một chiếc trống đồng cổ rộng 9 thước, cao 4 thước. Có luận giải rằng đây là chiếc trống đồng năm xưa đã giúp vua Hùng đã làm linh khí đánh giặc loạn xâm vùng này. Năm Nhâm Tuất (1802) lại có dịp đi qua miếu, Nguyễn Quang Bàn sai đem chiếc trống đồng tìm được dạo trước hiến cho đền, đồng thời viết bia (lúc đó là bia gỗ) ghi lại để đời sau được rõ.
< Du khách tham quan đền Đồng Cổ.
Theo những người cao tuổi trong làng Ðan Nê, đền Ðồng Cổ từng có 38 gian, bề thế tựa lưng vào Tam Thái Sơn (dân làng gọi một cách dân dã là dãy núi Ðổng). Ngày xưa ba ngọn núi đá bao quanh đền là rừng cây nguyên sinh rậm rạp, nhiều cây to, có nhiều chim, thú. Nhưng, qua biết bao biến đổi, nay chỉ còn những ngọn núi đá với cây mọc tái sinh tầng thấp.
Thời kháng chiến chống Pháp, binh công xưởng Nguyễn Công Cậy sản xuất vũ khí ngay trong hang động Ích Minh trong lòng ngọn núi bên phải của đền. Gần đây, người ta còn tìm được trong hang nhiều vỏ bom hình dáng như chiếc vỏ chai và những vũ khí tự tạo trong thời kỳ kháng chiến chống thực dân Pháp. Khi quân Pháp phát hiện ra vị trí công binh xưởng Ích Minh, chúng đã cho máy bay ném bom san phẳng cả đền Ðồng Cổ. Những di tích nguyên gốc còn lại đến nay, ngoài hai tấm bia kể trên, chỉ còn chiếc miếu nhỏ lưng chừng đỉnh núi Xuân, và chiếc cổng Nghinh môn nằm ở phía tây ngôi đền.
< Hồ bán nguyệt trước đền.
Năm 2007, UBND tỉnh Thanh Hóa đã phê duyệt Dự án đầu tư xây dựng, bảo tồn, tôn tạo núi và đền Đồng Cổ theo 2 giai đoạn với tổng kinh phí dự toán hơn 35 tỷ đồng. Ngày 4-7-2008 khởi công xây dựng các hạng mục công trình: Tu bổ và tôn tạo Nghi Môn, Quán Triều Thiên, Tiền Điện và Thượng Điện, trong đó Thượng Điện là hạng mục chính. Sau hơn 1 năm xây dựng, ngày 15-8-2009 hoàn thành giai đoạn I với nguồn vốn hỗ trợ đầu tư đợt 1 (15 tỷ đồng) của UBND thành phố Hà Nội và Ban chỉ đạo Quốc gia 1000 năm Thăng Long –Hà Nội. Một số hạng mục chính yếu của khu di tích đang rất cần được nâng cấp tôn tạo hoàn chỉnh như: Bàn cờ tiên trên đỉnh núi, chùa Thanh Nguyên, bến Trường Châu, Tiền Điện, Nghi Môn…Hệ thống đường vào đền, đường quanh hồ bán nguyệt, đường lên núi, khu dịch vụ du lịch cũng cần được xây dựng, nâng cấp xứng tầm với giá trị và quy mô của khu di tích này.
< Hang núi tại đền Đồng Cổ – nơi làm xưởng sản xuất vũ khí thời kháng chiến.
Ngày 23-2-2010, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội đã gắn biển công trình kỷ niệm 1000 năm Thăng Long – Hà Nội cho di tích đền Đồng Cổ ở làng Đan Nê, xã Yên Thọ (Yên Định, Thanh Hóa).